灭鼠方法很多，一般可分为环境灭鼠、物理学灭鼠、化学灭鼠、生物学灭鼠和生态学灭鼠。
环境灭鼠：老鼠需要水、食物以及隐蔽的栖息条件，才能生存和繁殖。因此，创造一个不适宜其生存的环境，就能使一个地方的鼠量大大下降，并能使灭鼠成果容易得到巩固。 

物理学灭鼠法：又称器械灭鼠法，应用较久，应用方式也较多。它包括各种专用捕鼠器，如鼠夹、鼠笼，也包括压、卡、关、夹、翻、灌、挖、粘和枪击等。 

化学灭鼠法：又称药物灭鼠法，是应用最广、效果最好的一种灭鼠方法。

 生物学灭鼠法：是利用天敌灭鼠，鼠类的天敌很多，主要是食肉目的小兽如黄鼬、野猫、家猫、狐等，鸟类中的猛禽如鹰、猫头鹰等，还有蛇类。 

生态学灭鼠：也就是通过改良环境，包括防鼠建筑、断绝鼠粮、农田改造、搞好室内外环境卫生、清除鼠类隐蔽处所等，也就是控制、改造、破坏有利于鼠类生存的生活环境和条件，使鼠类不能在那些地方生存和繁衍。生态学灭鼠是综合鼠害防治中很重要的一环。