杀菌药物如过氧乙酸、次氯酸钠等，对微生物有较强的灭杀作用，成本低廉。因强烈的气化作用，刺激性很强，只能在静态（无人）的情况下使用。多数出口食品企业也不在用喷洒方法灭菌，主要原因是极易造成二次污染。化学试剂易在食品中残留，对作业人员的皮肤、神经系统、肠胃及呼吸道也有影响，长期容易患毒害性职业病。
当有机污染物经过紫外线照射区域时，紫外线会穿透生物的细胞膜和细胞核，破坏DNA的分子键，使其失去复制能力或失去活性。因此细胞不能复制，微生物不久就会死亡。
室内空气消毒机对经过其照射范围内的微生物产生累加的影响，也就是说，对第一次经过紫外线照射区域没有被杀死的微生物，在随后的循环中将会被杀死。紫外线会破坏生物的再生能力，这点是非常重要的。因为一个细菌在24小时内会繁殖成百上千甚至上百万细菌，这也意味着即使最有效的空气过滤器也不能完全去除微生物，所以利用紫外线灭菌是治本之道。一种微生物被紫外线杀灭所需要的剂量取决于紫外光强度和照射时间。紫外线(UV)消毒是一种高效、安全、环保、经济的技术，能够有效地灭活致病病毒、细菌和原生动物，而且几乎不产生任何消毒副产物。因此，在净水、污水、回用水和工业水处理的消毒中，UV逐渐发展成为一种最有效的消毒技术。由于紫外线具有对隐孢子虫的高效杀灭作用和不产生副产物等特点，使其在给水处理中显示了很好的市场潜力。
但过量的日光紫外线照射，可对人体的皮肤、眼睛以及免疫系统等造成伤害。紫外线能破坏人体皮肤细胞，使皮肤未老先衰。严重时产生日光性皮炎即晒伤或皮肤和粘膜的日光性角化症，引起癌变。眼睛是对紫外线最为敏感的部位，紫外线能对晶状体造成损伤，是老年性白内障的致病因素之一。
臭氧在常温下为爆炸性气体，有特臭气味，为已知最强的氧化剂。臭氧在水中的溶解度较低（3%）。臭氧稳定性差，在常温下可自行分解为氧。所以臭氧不能瓶装贮备，只能现场生产，立即使用。臭氧的杀菌原理主要是靠强大的氧化作用，使酶失去活性导致微生物死亡。臭氧是一种广谱杀菌剂，可杀灭细菌繁殖体和芽胞、病毒、真菌等，并可破坏肉毒杆菌毒素。
臭氧对空气中的微生物有明显地杀灭作用，采用30mg/m3浓度的臭氧，作用15分钟，对自然菌的杀灭率达到90%以上。
常用方法四、洁净室
采用初中三级过滤方式滤尘，同时补充新风，但高效过滤及通风系统本身不具备杀菌功能，杀菌尚需配合臭氧装置。
目前，洁净室无法在食品行业普及（保健食品除外），原因如下：
1、洁净室造价高、耗电大、易损耗品更换频繁，运行成本大；
2、现有食品企业多为老式厂房，改造成本大，搬迁或重建时则报废。因此，无尘洁净室对诸多企业而言成了一种摆设，一种形象工程，只有上级检查时才开启。
